Około godziny 7.00 rozpoczęła się niemiecka akcja likwidacji otwockiego getta. Ciężarówki z żołnierzami ukraińskimi w służbie SS oraz sami Niemcy wkroczyli do getta kilkoma bramami. Natychmiast rozległy się strzały. Niemcy przez megafony nakazali ludności gromadzenie się na terenie znajdującym się pomiędzy ulicami B. Joselewicza (Świderska), Górną i Ludną. Był to teren przygotowany uprzednio przez samych Żydów do odbierania materiałów, które miały trafiać do szopów w getcie. Większa część Żydów sama przyszła na ten Umschlagplatzu. Akcja na terenie całego getta miała tragiczny przebieg. Wspomnienia Calka Perechodnika pełne są wstrząsających scen, jakie miały wówczas miejsce:
Calek Perechodnik, Spowiedź, Warszawa 2007, ss. 50-53.
Ukraińcy strzelają. Nie ma tu żadnych strzałów w powietrze. Każdy strzał oddany jest w głowę człowieka i to z odległości nie większej od dwóch metrów. Ludzie padają, mózgi pryskają, krew się leje. […] Widziałem młodą kobietę, przed minutą tryskającą życiem i zdrowiem, widziałem ją w momencie, gdy Ukrainiec łopatą ćwiartował jej żywe ciało. Zabrakło mu kul, chwycił łopatę za trzonek i tak długo bił w żywe ciało między piersiami, aż zupełnie rozpołowił.
Do południa 8 tysięcy Żydów zostało zebranych na niewielkim placu. Większość stawiła się sama.
„Niemcy tymczasem sprowadzają sobie krzesła, rozsiadają się dokoła, piją piwo, palą papierosy, jedzą i śmieją się. Od czasu do czasu strzelają w tłum, by nikt nie ośmielił się wstać. Dla postrachu wyciągają kilku ludzi z tłumu i biją ich tak długo pałkami, aż tamci giną”.
Calek Perechodnik, Spowiedź, Warszawa 2007, s. 54.
Tragiczny przebieg miała akcja w getcie kuracyjnym. Część lekarzy w „Zofiówce” i „Brijusie” popełniła samobójstwo, podobnie jak część gości domu wypoczynkowego. W dniu likwidacji getta, Ukraińcy spędzili personel i chorych z „Brijusa” i „Zofiówki” do pawilonu pierwszego w „Zofiówce”. Ciężej chorych i część personelu rozstrzelano na miejscu. Pozostałych wywieziono do Treblinki. Zginęło około 140 osób. Dzieciom z „Brijusa” Niemcy roztrzaskali głowy. Zamordowano też część dzieci oraz personelu z ośrodka wychowawczego „Centos”.
Liczbę wywiezionych Żydów źródła szacują na 7-10 tysięcy. Załadunek 50 wagonów trwał do godziny 22. Transport z otwockimi Żydami przybył do Treblinki 20 lub 21 sierpnia.
W momencie likwidacji getta niektórzy znaleźli schronienie u Polaków, jednak zdarzało się wiele wypadków grabieży i denuncjacji. Często mieszkańcy getta nie byli w stanie odzyskać swych dóbr oddanych Polakom na przechowanie. Grabiono również majątki żydowskie już po likwidacji getta. Wiele osób wysłało swe dzieci do Polaków, którzy często podrzucali je do klasztorów lub nawet oddawali do transportu.
Rodzice podrzucali dzieci m.in. do klasztoru sióstr ze Zgromadzenia św. Elżbiety, które prowadziły Dom Dziecka.
Podczas likwidacji getta matki podrzucały dzieci w zarośla na terenie przyklasztornym. Opiekę nad dziećmi i siostrami roztoczył komendant komisariatu Policji Polskiej w Otwocku, Bronisław Marchlewicz. Uprzedzał on o mających nastąpić rewizjach. Sam w dniu likwidacji wraz z księdzem Wolskim i Aleksandrą Szpakowską uratował 7 -letnią Marysię Ossowiecką. Ludwik Wolski, proboszcz parafii św. Wincentego a Paulo, podczas okupacji wystawiał Żydom fałszywe metryki chrztu. Ocaleli Żydzi otwoccy wspominają także pomoc księdza wikarego Jana Raczkowskiego oraz księdza jezuity Jana Rostworowskiego.
Po likwidacji getta Lüppschau [Lipszer/Lipscher] wydał policji żydowskiej rozkaz odszukania wszystkich Żydów ukrywających się po stronie aryjskiej. Gromadzono ich na komisariacie policji żydowskiej, gdzie oczekiwali na przybycie plutonu egzekucyjnego z Rembertowa. Następnego dnia po likwidacji Niemcy i Ukraińcy przeszukiwali domy i piwnice. Wyciągali Żydów z ich kryjówek za pomocą innych Żydów, pochodzących z Karczewa. Ci zapewniali w języku jidysz, że akcja została zakończona i nic im nie grozi.
Dom po domu przeszukiwała też żandarmeria z Rembertowa. Część znalezionych Żydów zabijano na miejscu, część aresztowano. Masowe egzekucje trwały przez cztery tygodnie. Co kilka dni (z reguły dwa razy w tygodniu), gdy w getcie zgromadziło się około 100 osób, przyjeżdżało dziesięciu żandarmów w asyście policji polskiej. Wcześniej sprowadzano robotników z Karczewa, którzy przygotowywali doły, z reguły przy ul. Reymonta. Do wykopu podchodziło dziesięciu Żydów, kładli się brzuchem na ziemi. Po egzekucji robotnicy przeszukiwali ubrania i wrzucali zwłoki do dołu. W zbiorowych mogiłach między ul. Reymonta i Słowackiego pochowano zwłoki ok. 1500 osób. Między 19 a 30 sierpnia zginęło 2250 Żydów. 24 VIII pod Świdrem rozstrzelano 500 Żydów otwockich. Zbiorowe groby znajdują się w okolicznych lasach.
Na zboczu wydmy między ul. Górną i Staszica pochowano ok. 300 osób. Groby znajdują się także koło sanatorium „Marpe”. Pojedyncze groby znajdowały się prawie w każdym schronie przeciwlotniczym. Wykryto i zastrzelono łącznie ok. 3 tys. Żydów. Większość domów żydowskich została zajęta przez Polaków.
